Berdasarkan Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 73 Tahun 2016 tanggal 01 Agustus 2016, Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Pekalongan mulai resmi berdiri sebagai perubahan status dari STAIN Pekalongan. Oleh sebab itu, terjadi perubahan dari yang awalnya berbasis Jurusan menjadi berbasis Fakultas. IAIN Pekalongan terdiri dari empat fakultas, yaitu: Fakultas Syariah (Faksya), Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan (FITK), Fakultas Ushuluddin, Adab dan Dakwah (FUAD), dan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (FEBI).

Kemudian, berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: 3902 Tahun 2016 tanggal 15 Juli 2016 telah dibuka program studi S1 Akuntansi Syariah dan penerimaan mahasiswa baru dilaksanakan pada tahun akademik 2017/2018. Pembukaan program studi S1 Akuntansi Syariah dilakukan karena adanya kebutuhan akan Sumber Daya Manusia (SDM) yang kompeten di bidang akuntansi syariah seiring dengan bertambahnya jumlah instansi dan jenis lembaga keuangan syariah di Indonesia, khususnya di wilayah eks-Karesidenan Pekalongan. Sehingga menjadikan IAIN Pekalongan menjadi PTKIN pertama dan satu-satunya yang membuka program studi S1 Akuntansi Syariah di wilayah eks-Karesidenan Pekalongan. Ditambah lagi, hasil survei yang menunjukkan bahwa dari 200 responden siswa SMA/MA/SMK, lebih dari 40% berminat untuk melanjutkan kuliah di IAIN Pekalongan dimana Akuntansi Syariah menempati urutan kedua dari program studi baru yang paling diminati.

Program Studi Akuntasi Syariah pada tahun ajaran 2017/2018 telah menerima mahasiswa baru untuk angkatan pertama sebanyak dua kelas. Pada tahun 2019 Program Studi Akuntansi Syariah telah melaksanakan akreditasi program studi dengan mendapatkan predikat B. Seiring transformasi IAIN Pekalongan menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) K.H. Abdurrahman Wahid ada pembaharuan surat keputusan maupun sertifikat akreditasi. 

Program Studi Akuntansi Syariah memiliki fasilitas dalam menunjang pengembangan ilmu akuntansi syariah berbasis teknologi diantaranya yaitu kelas yang representatif dilengkapi dengan LCD Proyektor, pusat baca, Laboratorium Komputer, Laboratorium Akuntansi Syariah, Laboratorium Perpajakan (Tax Center).